如果讓牙周病越過了初期的階段，由於此時支持牙齒的齒槽骨遭到破壞，有著較深的牙周囊袋時，牙根的表面會牢牢粘附著許多牙結石與牙菌斑等，十分有利於細菌的生長繁殖與分泌毒素，並且得以繼續破壞附近的牙周病組織。這個時候，除了刮去所有牙結石和牙菌斑外，還必須將牙根表面「刨」光，以建立不易讓牙菌斑附著的光滑面，使牙齦的發炎現象儘速消失。這個治療的過程，就是所謂的「基本治療」。

經由這樣的治療過程，大部份地區的牙周狀況會有明顯的改善。可能仍然會有小部份地區，由於齒槽骨的受損已過於嚴重，雖然牙齦的發炎現象減低，牙周囊袋的深度依然不利於清除堆積於其內的牙菌斑。這時，牙醫師才會建議用手術方法，來減少囊袋的深度與必要時的齒槽骨修整。

牙周病的手術，在工作範圍上比較小，也比較安全，卻仍是頗細膩費時的手術。局部麻醉即可達到手術過程中無痛的效果，不需要住院。此外，手術後的日常生活和工作也不會受到影響，若有疼痛，也只是些微的程度而已，和一般外科的開刀手術大為不同。患者在組織復原後，仍不能鬆懈保持口腔的潔淨。此外，遵照牙醫師的囑咐，患者居家時口腔保健的配合與一定期間的回診，應該是無需贅言的。