基本上3D定位植牙的風險主要是身體會接觸幅射線，不過跟一般斷成掃描相比，其劑量並不高，照3D定位植牙基本上並不會有什麼傷害，若是孕婦還有正準備懷孕的夫婦就要小心，其他就沒有什麼太大的問題。唯有一個缺點，就是價格比較貴，它的費用比一般影像拍攝花費要來得高，會增加額外的費用。除了好的診斷工具之外，醫師的經驗與技術也很重要，例如：齒槽骨有缺損，要怎麼修補？怎麼把牙齒放到好的位置？都需要仰賴醫師的技術和經驗，影像只是輔助醫師作為參考。